자이모 리서치, 폐수에서 SARS-CoV-2 변종 검출을 위한 오픈 소스 바이오정보 파이프라인 공개

Zymo Research Corp.

2021-05-12 10:01 868

VirSieve^™ 바이오정보 파이프라인 조기 발표, SARS-CoV-2 환경 연구 협업 촉진

어바인, 캘리포니아주, 2021년 5월 12일 /PRNewswire/ -- 자이모 리서치는 폐수에서 SARS-CoV-2 변종 검출을 위한 전 세계적인 협업 및 지원을 촉구하기 위해 환경 미생물학계에 VirSieve^™ 바이오정보 파이프라인(Bioinformatics Pipeline)소스 코드를 공개했다. VirSieve^™는 폐수 샘플에서 SARS-CoV-2 바이러스 염기서열을 확인하기 위해 자동화된 컴퓨팅 파이프라인이며, 이로써 모니터링 되고 있는 지역사회에 존재하는 바이러스 변종을 더 잘 이해할 수 있을 것으로 보인다. 모니터링된 바이러스 변이 신뢰 구간을 평가함으로써, 이 소프트웨어는 바이러스 유전 물질 변화를 분석하는 정확도를 상당히 높일 수 있는 잠재성을 갖고 있다.

Zymo Research releases the VirSieve™ Open-Source Bioinformatics Pipeline source code to the environmental microbiology community to promote global collaboration and support for the detection of SARS-CoV-2 variants in wastewater.

미국 질병통제예방센터(Centers for Disease Control and Prevention, CDC)에 따르면, 백신 배포는 미국 내의 SARS-CoV-2 대유행을 막는 데 지대한 긍정적인 효과를 거두었던 반면, 신종 바이러스 변종이 여전히 나타나고 있다고 밝혔다. B.1.1.7과 같은 일부 변종은 증가하는 확산세, 병원성 또는 백신 기피 경향으로 인해 "우려 변종"으로 분류된다. 폐수 차세대 염기서열분석(Next-Gen Sequencing, NGS)이 거의 실시간으로 지역사회 감시를 위한 가장 실용적인 솔루션으로 부상하고 있다.

폐수의 바이러스 염기서열은 바이러스 RNA의 분열 및 분해로 인해 파악하기 어렵고, 종종 거짓 변이로 나타나 염기서열 오류를 초래하기도 한다. VirSieve^™는 이러한 거짓 변종을 구분하여 낮은 신뢰도 또는 신뢰도가 없는 것으로 표시할 수 있어, 연구자들이 변이를 가려낼 수 있도록 더 높은 수준으로 지원한다. 아울러, 자이모 리서치는 DNA/RNA 실드^™ 시약을 제공하여, 폐수 샘플의 검체 채취 및 운송을 안전하고, 적정 온도에서 하기 위해, 바이러스성 RNA를 비활성화하여 더 이상 안정성이 저하되지 않도록 보호한다.

"자이모 리서치는 공공보건 리포팅 시스템인 CalREDIE을 통해 COVID-19 테스트 결과를 제출하는 오픈 소스 클라이언트인 자이모 리서치 트랜스밋 프로그램(Zymo Research Transmit Program)과 같은 공공 소프트웨어 도구를 개발한 바 있습니다."라고 자이모 리서치의 VirSieve^™ 파이프라인 프로젝트의 책임자이며 랩인포메이션시스템(Laboratory Information Systems)의 디렉터인 박사 마이클 와인스타인(Michael Weinstein)이 말했다. 이어 그는 "VirSieve^™는 자이모 리서치가 전 세계의 대유행병 대응을 최대한 지원하고자 들이는 지속적인 노력의 일환입니다. 우리는 VirSieve^™가 향후 공공보건의 노력의 일환으로 폐수의 SARS-CoV-2 변종뿐만 아니라 다른 바이러스도 추적하도록 사용될 잠재력을 갖고 있다고 생각합니다."라고 말했다.

"임상 샘플 혹은 하수에서 정확한 변이를 찾는 것은 다른 모든 바이러스 변종과 마찬가지로 바이러스 변종을 찾는 것에 핵심이며, 병원체 추적에 대한 정보를 제공하고자 들이는 노력입니다."라고 웨일 코넬 의과대학에서 생리학 및 생물 물리학 교수이자 양적 예측 분야의 월드퀀트연구소 공동 책임자이며 자이모 리서치에 유급으로 연사를 맡은 크리스토퍼 메이슨(Christopher Mason)이 말했다.

VirSieve^™ 파이프라인에 대해 더 많은 정보를 원하시면 자이모 리서치의 웹사이트를 방문하시거나, tech@zymoresearch.com으로 이메일을 보내십시오.

자이모 리서치 기업(Zymo Research Corp.) 소개
자이모 리서치(Zymo Research)는 1994년 이래 최첨단 분자생물학 도구와 관련하여 과학 및 진단 관련 분야 서비스를 제공하고 있는 사기업입니다. "과학의 백미는 뭐든지 단순화하는 것(The Beauty of Science is to Make Things Simple)"이라는 기업 신조에서 알 수 있듯이 후생유전학부터 DNA/RNA 정제 기술에 이르기까지 동사의 전 제품에 과학의 아름다움이 깃들어 있습니다. 자이모 리서치(Zymo Research)는 고품질은 물론 사용하기에 간편한 검체 채취, 미생물군 유전체 측정, 진단 도구 및 NGS 기술을 위한 기발하면서도 새로운 솔루션으로 경계를 허물고 있습니다. 페이스북(Facebook), 링크드인(LinkedIn), 트위터(Twitter) 및 인스타그램(Instagram)에서 자이모 리서치(Zymo Research)를 팔로우하십시오.

자이모 리서치의 COVID-19 제품의 자세한 내용은 다음 링크를 확인하십시오.